پدرش از بازاريان متدين و متعهدی بود که از يزد به مشهد مهاجرت کرده بود و مادرش از خاندان «مدرس يزدی» که از روحانيون به‌نام يزد و مشهد بودند.

محمدرضا حکيمی از ۱۳۲۶ وارد حوزه علميه مشهد شد و فقه و اصول را نزد استادان اين رشته‌ها از جمله حضرات آيات: سيد احمد مدرس يزدی (دايی‌اش)، شيخ هاشم قزوينی، شيخ مجتبی قزوينی، شيخ علی نمازی و سيد محمد هادی ميلانی فرا گرفت. ادبيات عرب را پيش شيخ محمدتقی اديب نيشابوری و فلسفه و کلام را نزد شيخ غلامحسين محامی بادکوبه‌ای و شيخ عبدالنبی کجوری خواند و بخش‌هايی از علوم غريبه را در محضر ابوالحسن حافظيان و حاجی‌خان مخيّری و مباحثی از نجوم را در درس شيخ اسماعيل نجوميان آموخت.

قدرت فراگيری و استعداد وی چنان بود که همواره مورد عنايت استادانش قرار داشت و در نوجوانی به عربی و فارسی شعرهايی نغز و روان می‌سرود.

برخی از اشعار وی در کتابی با نام «ساحل خورشيد» چاپ شده است. يکی از چکامه‌های بلند وی در وصف حضرت مهدی(ع) شعری با نام «ای آفتاب» است که در بخشی از آن آمده است:

ای نوح با کشتی بیا، بنگر که طغیان تا کجا
عالم سراسر غرقه در، امواج طوفان تا کجا
طوفانِ ظلمِ ظالمان، گسترده‌دامان تا کجا

ای آفتاب، ای آفتاب، از خلق پنهان تا به کی
نسلِ جوان سرخورده زین وضع پریشان تا به کی؟

خونِ شهیدانِ بشر اندر شقایق‌ها تويی
اسرار کُنه معرفت، عین حقایق‌ها تويی
احیاگر عدل و کرم بهر خلایق‌ها تويی

ای آفتاب، ای آفتاب، از خلق پنهان تا به کی
قرآن و عدل و داد و دین بر طاق نسيان تا به کی؟

سال ۱۳۴۵ با رضايت استادش شيخ مجتبی قزوينی و به تعبير خود برای «هجرت الی التکليف» لباس روحانيت را کنار گذاشت و به تهران رفت و تا ۱۳۵۷ در چند مؤسسه انتشاراتی و فرهنگی تهران به کار پرداخت و در اين مدت، علاوه بر کتاب‌هايی که از آنها ياد خواهد شد، آثار علمی زير را از خود به‌يادگار نهاد:

- پی‌نوشت‌های روشنگر بر کتاب «اسلام در ايران» اثر پطروشفسکی، ترجمه کريم کشاورز که در پايان کتاب چاپ شده است.

- پانوشت بر «تاريخ فلسفه در جهان اسلامی» اثر حنّا الفاخوری و خلیل الجرّ، ترجمه دکتر عبدالمحمد آيتی

- پانوشت بر «سيری در انديشه سياسی غرب» نوشته دکتر حميد عنايت

آموخته‌های دينی وی در مشهد و تربيتی که در محضر استادان بزرگ اين حوزه ديده، به علاوه تجربه کاری که در تهران به هم زده بود، از وی شخصيتی چندوجهی ساخت و اين گونه بود که توانست انديشه‌های دينی و مذهبی را در محافل فرهنگی و مراکز انتشاراتی روز کشور راه دهد و پلی برای ارتباط ميان کانون‌های روشنفکری و دانشگاهی و حوزوی باشد.

قدرت نويسندگی و عشق و علاقه محمدرضا حکيمی به کتاب و قلم، به کمک وی آمد و در سال‌های خفقان پهلوی، چندين اثر برجسته دينی حاکی از ديدگاه‌های آزادی‌خواهانه و عدالت‌جويانه به قلم جادويی وی نوشته شد؛ کتاب‌های «سرود جهش‌ها» و «فرياد روزها» از جمله آثاری است که حکيمی در آن سال‌ها نوشت و با انتشار آنها توانست هم انديشه اسلام اجتماعی را تبليغ کند و هم افکار انقلابی را در ميان بسياری از خوانندگان آثار هنرمندانه‌اش گسترش دهد. اين آثار و ديگر فعاليت‌های وی در زمينه دفاع از محرومان و بينوايان، سبب شد که بارها در شهرهای مختلف بازداشت شود.

افزون بر فعاليت‌های بالا، وی در سال‌های منتهی به پيروزی انقلاب اسلامی، به معرفی سيمای عالمان بزرگ شيعی همچون شيخ آقابزرگ تهرانی، ميرحامد حسين هندی، شرف‌الدين و ديگران در مجموعه‌های ارزشمندی تحت عنوان «بيدارگران اقاليم قبله» و «مرزبانان حماسه جاويد» پرداخت و با فراهم آوردن مجموعه‌ای به نام «حماسه غدير» به ياد مرحوم علامه امينی، شامل مقالاتی از بزرگان دينی و ادبی کشور، پيشگام توليد يادنامه‌هايی از اين دست برای بزرگان مکتب تشيع شد.

حکيمی با انتشار چندين کتاب، به فرازهايی سرنوشت‌ساز از تاريخ اسلام؛ همچون بعثت، غدير، عاشورا، ولايتعهدی امام رضا(ع) و ارائه مفهومی تازه از «انتظار» توجهی ويژه نشان داد و در نشر فاخر و قاعده‌مند و يک‌شکل اين کتاب‌ها، ايجاد تحولی در توليد کتاب‌های اسلامی را مد نظر داشت. وی با اين کار همچنين کوشيد تا حوزه‌های علميه و به‌خصوص طلاب جوان را با شيوه‌های درست‌نويسی متون فارسی آشنا سازد و اهميت اين امر را بدانان گوشزد کند.

محمدرضا حکيمی که در مکتب شيخ مجتبی قزوينی درس خوانده و با ديدگاه‌های ميرزا مهدی غروی اصفهانی همسويی داشت، ترويج انديشه‌های استادان خود برای جداسازی آموزه‌های دينی و مذهبی از افکار فلسفی و عرفانی را نيز در برنامه خود قرار داد و با انتخاب عنوان «مکتب تفکيک»، به تئوريزه کردن اين ديدگاه و نگارش کتاب‌هايی در اين عرصه پرداخت. مکتب تفکيک، که برخاسته از تعليمات خاص استادان شهر مشهد است، گاه با نام «مکتب معارفی خراسان» يا «مکتب معارفی مشهد» نيز خوانده می‌شود. همين تأکيد بر آيات و روايات سبب شد که وی به کمک برادارانش آقايان شيخ محمد حکيمی و شيخ علی حکيمی، به‌خصوص ابعاد اقتصادی و اجتماعی اسلام را به دور از انديشه‌های شرق  و غرب، در مجموعه قرآنی و روايی «الحياة» در ۱۲ جلد گرد بياورد؛ کتابی که امروزه به سان بزرگ‌ترين موسوعه هدفمند شيعی، منظومه فکری حکيمی را نشان می‌دهد. اين کتاب به فارسی نيز ترجمه شده است.

در کنار همه اينها، حکيمی از ديرباز تلاش برجسته‌ای در معرفی ويژه شخصيت امام خمينی داشت و اندکی پس از پيروزی انقلاب اسلامی، در کتابی با عنوان «تفسير آفتاب» که تنها يک بار چاپ شد، به اين موضوع اهتمام ورزيد. اين کتاب به«شناخت نهادها»، «انقلاب کبير ايران و مبادی اسلامی آن»، و «ماهيت ايدئولوژيکی انقلاب» پرداخته است.

حکيمی همسری اختيار نکرد و همواره زندگی زاهدانه‌ای را در پيش گرفت.

شخصيت برجسته محمدرضا حکيمی و آشنايی گسترده وی با مبانی دينی و مذهبی در کنار مقبوليت او در محافل دانشگاهی و فرهنگی کشور، سبب شد دکتر علی شريعتی که از سال‌های دور با وی همشهری و هم‌سن و هم‌عقيده و آشنا بود و او را به آگاهی و آزادگی و عدالت‌خواهی می‌شناخت، در يادداشتی مکتوب، حکيمی را وصیّ خود قرار دهد و هر گونه تغيير در انبوه نوشته‌های خود را به وی بسپارد. محمدرضا حکيمی در جايی گفته است که «من اشتباهی که شخصيت‌شکن باشد و عقايد دکتر شريعتی را زير سؤال ببرد، در آثار دکتر نديدم». با اين حال، دريغ خود را از اين که به دليل اشتغال به نگارش مجموعه «الحياة» نتوانسته به اجرای اين وصيت‌نامه موفق شود، پنهان نکرده است.

محمدرضا حکيمی، پس از ابتلای به بيماری کرونا، مدتی در بيمارستان و منزل بستری بود و در واپسين ساعات روز ۳۱ مرداد ۱۴۰۰ به دليل سکته قلبی در تهران درگذشت.